Il dosaggio degli ENA e’ di fondamentale importanza nella diagnosi differenziale tra lupus erithematosus sistemico e connettivite mista, nei casi di LES con ANA negativi e nella sindrome da anticorpi antifosfolipidi. Sono presenti in circa il 40% di soggetti affetti da LES. Si riscontrano anche in caso di lupus discoide, artrite reumatoide, sindrome di Siogren, nel lupus indotto da farmaci, nella connettivite mista. Gli ENA 3 ed ENA 4 sono presenti nella sindrome di Siogren, nel lupus neonatale e nelle forme di lupus ANA negative. Nei casi di positivita’ agli ENA 3 ed ENA 4 si ha spesso una VDRL falsamente positiva, un PTT prolungato e tendenza alla trombosi. In questi pazienti e’ presente anche una positivita’ agli anticorpi anticardiolipina (sindrome da anticorpi antifosfolipidi).